In Japan sind lesbische, schwule, bisexuelle, trans- und intergeschlechtliche (LGBTI) Menschen in Beschäftigung, Bildung, beim Zugang zu Gesundheitsdiensten, im Familienleben und in anderen Bereichen wie Haftanstalten und von Katastrophen betroffenen Gebieten mit Diskriminierung konfrontiert.
Darüber hinaus geben einige Politiker_innen und Regierungsbeamte weiterhin explizit homophobe Äußerungen ab, die zur Diskriminierung von LGBTI-Menschen ermutigen. Viele LGBTI können ihre sexuelle Orientierung oder geschlechtliche Identität nicht einmal am Arbeitsplatz, gegenüber ihren Familien oder in ihrem sozialen Leben offenlegen, was häufig zu einem Gefühl der sozialen und emotionalen Verdrängung führt. Einige LGBTI haben Schwierigkeiten beim Zugang zu oder bei der Versorgung mit der notwendigen medizinischen Versorgung, einschließlich der hormonellen Behandlung von Trans-Personen.
Im Jahr 2017 startete Amnesty die Kampagne "Liebe jenseits der Geschlechter", um den japanischen Premierminister aufzufordern, eine nationale Gesetzgebung gegen die Diskriminierung von LGBTI einzuführen. Die öffentliche Debatte über die Menschenrechte für LGBTI in Japan hat an Dynamik gewonnen, insbesondere im Hinblick auf gleichgeschlechtliche Partnerschaften und die Nichtdiskriminierung aufgrund der sexuellen Orientierung und der Geschlechtsidentität. Es gab einige Fortschritte, darunter eine zunehmende Zahl von Gemeinden, die eingetragene Partnerschaften für gleichgeschlechtlicher Paare einführten, und die Annahme einer Antidiskriminierungsverordnung zum Schutz von LGBTI durch die Regierung von Tokio im April 2019. Trotz der vielversprechenden Schritte sind die institutionellen Veränderungen in Japan eher bruchstückhaft und garantieren kein nationales Gesetz mit einem pauschalen Schutz vor Diskriminierung aufgrund der sexuellen Orientierung oder der geschlechtlichen Identität.